Setelah perang antarplanet pada awal abad ke-21, planet Bumi telah hancur, dengan sebagian besar ekosistemnya hancur full. Karena tidak mungkin lagi menjalani kehidupan normal di planet ini, penghuninya terpaksa pindah ke planet lain di mana kehidupan akan, semoga, lebih nyaman.
Deep Galactic Trade Organization, sebuah pemerintah totaliter yang mempengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan bahwa itu harus dilarang dan dihancurkan untuk kebaikan. Grup bakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota AKB48 asli yang pernah hidup di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, mereka menjadikannya sebagai misi untuk menghidupkan kembali musik mereka dengan melakukan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik yang mereka bisa, sambil menghindari bahaya terus-menerus ditangkap karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang popular antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia － dengan musik!